Le muséum présente 350 m2 d'exposition permanente: animaux raréfiés ou disparus des Pyrénées-Orientales, oiseaux sédentaires et migrateurs, corvidés, rapaces nocturnes et diurnes, grands mammifères, faune pyrénéenne, invertébrés et coralliaires, minéraux, crocodiles, objets ethnologiques océaniens et africains, ainsi qu'une momie égyptienne.
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